南京市第二医院感染病科现为国家临床重点专科建设单位，江苏省临床重点专科，江苏省“十三五”科教强卫工程医学重点学科。汤山分院感染病科负责各种急、慢性感染性疾病的临床诊疗，包括不明原因发热、腹泻、感染相关出疹性疾病，如手足口病、水痘、带状疱疹、麻疹、猩红热、斑疹伤寒、恙虫病、其他病毒疹等，以及免疫缺陷人群相关感染、疑难危重系统性感染、可致出血的感染性疾病、人畜共患性疾病以及其他需要重点防控和具有检疫、隔离需要的疾病（如流行性腮腺炎、伤寒、流行性感冒、百日咳等）。汤山分院感染二科，共开放床位数45张，现有医生8人，主任医师1人、副主任医师2人；博士1人、博士在读3人，硕士4人，门诊有感染科普通门诊、专家门诊以及心理门诊。
感染病科在我省传染病防治中具有悠久的历史以及非常重要的地位，积极参与非典、重症甲型H1N1流感、H7N9禽流感、埃博拉等重大传染病救治，是江苏省疟疾防治重点单位，同时担负着江苏省各家传染病医院三级网络机构的业务指导和管理工作，医疗服务辐射全省乃至外省市。承担南京中医药大学、南京医科大学以及东南大学等高等院校的教学课程，现有硕士研究生导师1人，近年来主持国家自然科学基金、省自然科学基金、省预防医学课题、南京医科科技发展计划重点项目等课题多项，发表科研论文百余篇，其中SCI及中华论文40余篇，最高影响因子39.06，获得省科技进步奖、省新技术引进奖、省医学科技奖等多项科研奖项。