南京市第二医院感染病科现为国家临床重点专科，江苏省临床重点专科，江苏省“十三五”科教强卫工程医学重点学科。汤山分院感染病科负责各种急、慢性感染性疾病的临床诊疗，包括不明原因发热、不明原因腹泻（包括但不限于感染所致腹泻如痢疾、霍乱、沙门氏菌感染等）、感染相关出疹性疾病（如水痘、带状疱疹、麻疹、手足口病、猩红热、斑疹伤寒、恙虫病及其他病毒疹等）、免疫缺陷人群相关感染（包括但不限于艾滋病及相关疾病、免疫缺陷合并隐球菌性脑膜炎或结核病等）、疑难危重系统性感染（如败血症、化脓性脑膜炎、神经梅毒、流行性乙型脑炎等）、可致出血的感染性疾病（如肾综合征出血热、发热伴血小板减少综合征、登革出血热等）、人畜共患性疾病（如狂犬病、禽流感、布鲁氏菌病等）以及其他需要重点防控或有检疫隔离需要的疾病（如流行性感冒、流行性腮腺炎、百日咳等）。汤山分院感染一科开放床位数44张，现有主任医师3人，均设有专家门诊，感染科普通门诊全天开放，并设有心理咨询门诊。
感染病科在我省传染病防治中具有悠久的历史以及非常重要的地位，积极参与过SARS、重症甲型H1N1流感、H7N9禽流感、埃博拉等重大传染病救治，圆满完成青奥会医疗保障等各项应急保障任务。担负着江苏省各家传染病医院三级网络机构的业务指导和管理工作，医疗服务辐射全省乃至外省市。率先在省内开展HIV/AIDS患者的抗逆转录病毒治疗，作为江苏省艾滋病防治管理学组组长单位，多次举办学术交流从而规范了省内抗病毒治疗，对江苏省艾滋病的防治发挥了积极作用。汤山分院感染病科承担南京中医药大学、南京医科大学以及东南大学等高等院校的理论教学以及带教、实习，现有感染病专业国家级学/协会委员4人，硕士研究生导师2人，近年来主持国家自然科学基金、省自然科学基金、省预防医学课题、南京医科科技发展计划重点项目等课题多项，发表科研论文百余篇，其中SCI及中华论文40余篇，最高影响因子39.06，获得省科技进步奖、省新技术引进奖、省医学科技奖等多项科研奖项。